Los desafíos son la principal competencia en The Birders y permiten a los jugadores recolectar algunos objetos después de la victoria:

• Trofeos (puntos en la clasificación).
• Paquetes de desafío.
• Fichas para paquetes de desafío (1 por completar un desafío con un pez más grande que el del oponente, 2 por ganar un desafío con una puntuación más alta que la del oponente, 3 en caso de victoria con dos peces más grandes).
• Monedas.

Los observadores de aves pueden abrir inmediatamente el paquete de desafío después de recolectar suficientes fichas para los paquetes de desafío, que se pueden usar un número limitado de veces cada día. Después de su uso, aparecerá un temporizador para indicar que es hora de recolectar más y abrir nuevos paquetes.